根據您提供的情況，乙方已經與第三方簽訂了采購設備協議，并已經支付了設備款項，且第三方已經開具了發票。現在甲方要求乙方開具設備發票，但設備仍然在乙方手中并歸乙方使用。 在這種情況下，除了開具銷售發票來轉移設備的所有權外，還可以考慮以下幾種方法： 1.簽署設備租賃協議：乙方可以與甲方簽署設備租賃協議，將設備出租給甲方使用。這樣，乙方仍然保留設備的所有權，但甲方將獲得設備的使用權。在租賃期間，乙方可以向甲方收取租金，并在租賃期滿后收回設備。 2.簽署資產轉讓協議：乙方可以通過與甲方簽署資產轉讓協議，將設備的所有權轉讓給甲方。這樣，甲方將獲得設備的所有權，并承擔與設備相關的責任和義務。在資產轉讓協議中，可以約定設備的價格、交付方式、所有權轉移時間等事項。 3.委托代理采購：如果甲方希望獲得設備的所有權，但又不想直接與第三方簽訂采購協議和支付款項，可以考慮委托乙方作為代理進行采購。甲方可以與乙方簽署代理采購協議，并支付乙方代理費用。乙方可以代表甲方與第三方簽訂采購協議，并代為支付設備款項。這樣，甲方可以獲得設備的所有權，并由乙方承擔與設備相關的責任和義務。