電子口岸卡分為法人卡和操作員卡，分別由企業法人和操作員持有。 法人卡主要用于無紙化通關簽約以及授權，一般由企業法人或其指定的人員持有，用于對操作員卡進行授權、停用和注銷等管理，并且可以以法人名義對企業的電子文件進行數字簽名。 操作員卡則用于實際業務的操作，如無紙化報關委托，出口收匯和出口退稅模塊的查詢，報關單打印、下載等，一般由企業為本企業人員申領操作員卡，并對本企業的操作員卡進行停用、注銷等管理。