意思是“張三發票專用章”不得行，“張三建材經營部”是可以的，是這樣理解嗎？如何判斷張三是自然人還是個體戶呢？

的是這個樣子的，看營業執照呀。

這種發票專用章看起來只有兩個字的像是自然人名字，是否合規呢？

您好，您看一下這個雖然是兩個字。是和銷售方名稱是一致的。有可能這個個體戶就叫這個名字。