有限責任公司自然人股東撤資所得款項可以少于按公司凈資產和所占比例計算的金額。但根據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》，這種情況屬于股權轉讓收入明顯偏低。若有正當理由，稅務機關通常會認可；若無正當理由，稅務機關可能會按照凈資產核定法等方法核定股權轉讓收入，并據此計算個人所得稅。 在你所舉案例中，若稅務機關不認可該價格，會按凈資產份額核定收入為 2800×30%=840 萬元，應納稅所得額為 840-30=810 萬元，個人所得稅為 810×20%=162 萬元，而非按實際所得計算出的 4 萬元。