單位、合伙企業（基金）轉讓新三板上市企業股份，增值稅的繳納情況不確定，存在爭議。 一種觀點認為需要繳納增值稅。依據是《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36 號）規定，金融商品轉讓包括轉讓有價證券等，新三板企業股權可歸為 “有價證券”，且《國務院關于全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》（國發〔2013〕49 號）提到，市場建設中涉及稅收政策的，原則上比照上市公司投資者的稅收政策處理，上市公司股票轉讓需繳納增值稅，所以新三板企業股權轉讓也應繳納。一般納稅人適用 6% 稅率，小規模納稅人適用 3% 征收率，以賣出價扣除買入價后的余額為銷售額。 另一種觀點認為無需繳納增值稅。因為新三板掛牌企業屬于非上市公眾公司，其股權不屬于有價證券，根據現行增值稅稅制安排，股權轉讓不屬于增值稅征收范圍，只有股票在內的金融商品轉讓才屬于增值稅的征稅范圍，所以轉讓新三板企業股權暫不征收增值稅。