您好！股東投資超過注冊資本的部分確實會計入資本公積。這樣做的影響主要體現在財務結構上，可以增強公司的資本結構和償債能力，但不會影響公司的營運資金。資本公積通常不可用于分配股利，主要用于吸收虧損或轉增股本等。