在這種情況下，母公司代付款后，發票也開給了母公司，可以這樣處理：母公司在其賬務中將此筆款項記錄為預付賬款或其他應收款（如果預期子公司將來會償還）。而子公司則需要在其賬務中記錄對應的應付賬款或其他應付款，以反映其對母公司的負債。這樣做可以確保雙方賬務的準確性和完整性。