如果你們公司在電子稅務系統中發現有未收到的進項發票，首先不要勾選這些發票，因為沒有實際收到的發票不能用來抵扣稅款。建議你們查明這些發票的來源和用途，如果確認是公司業務相關的，應盡快收集齊全這些發票。如果累積的未勾選發票較多，可以設置內部流程來定期審查和處理這類問題，避免對財務和稅務申報造成影響。