如果公司在申報個人所得稅后發現多申報了稅款，可以通過向稅務局提交更正申報表來進行更正。更正后，多繳的稅款會在之后的稅期內以抵扣的形式退還，或者直接退還到公司賬戶中。具體操作流程建議與當地稅務機關聯系，確保按照正確的程序進行。