庫存抵頂應付賬款在會計處理上通常視為一種非現金交易，需要根據實際交易的公允價值來確認，同時也要考慮是否涉及到增值稅的計算。具體稅務處理應根據交易的性質及相關稅法規定來確定。如果是正常的商業行為且按規定進行了完整的記賬和報稅，通常不會存在少交或不交稅的問題。