水土保持補償費主要用于補償因開發利用土地資源對水土造成的損失，用于水土保持的治理和恢復。而水資源稅則是對開發利用水資源的行為征收的稅種，目的是合理利用水資源，促進水資源的保護和節約。兩者都與資源管理有關，但關注的重點和使用的方式不同。