那如果我開票是9%，分包單位開給我是3%，預交增值稅的時候金額是我開票金額直接減去分包金額嗎？

不是直接減去，而是要根據稅法規定計算。你開9%的票，分包是3%，實際稅負不同。預交時，通常按你開票的稅率計算，但具體減免需依據合同、稅法細則以及稅務機關規定操作。建議詳細核對稅法或咨詢專業人士。