小規模納稅人開具外管證后出現開票與異地預繳征收率不一致的情況，可以這樣處理： 首先，確認業務的真實性和合規性，確保開票和預繳行為都是符合稅法規定的。 如果確定異地預繳征收率應為 3%而出現錯誤按 1%預繳的情況，可以向預繳地稅務機關說明情況，申請更正預繳申報，補繳少預繳的稅款及相應滯納金（如果有）。 同時，也要關注本地稅務機關對該情況的處理要求，及時溝通并配合做好相關調整工作，以確保企業納稅申報的準確性和合規性，避免后續可能出現的稅務風險。