公司逾期未繳齊認繳資金，可能面臨罰款、信譽受損及法律追責。將股東借款轉為注冊資金需雙方同意，并符合法律規定，避免潛在稅務與法律問題。建議咨詢專業法律顧問或會計師以確保操作合規。