您好！直接扣除6萬元政策指的是個稅專項附加扣除中的大病醫療支出。如果您享受此政策，說明您或家人有大額醫療費用。處理上，需收集醫療票據和相關證明，按流程申報扣除這6萬元。與工資不超5000元的規定無關，兩者分別針對不同稅項管理。如有疑問，可詳詢稅務部門。