開專票1%是要交1%的稅的吧？

是的，對的，是這么做的。

還有些開3%和6%的是什么情況下呢

小規模開不了6%的稅率，這個只有一般納稅人才可以。如果小規模放棄1%，可以開3%。

個體工商戶也算小規模是吧？

個體戶有一般納稅人 也有小規模

開專票扣稅是在申報增值稅的時候三方協議扣是吧？

是的，對的，是這么做的。