在總公司與分公司位于同一地方，且總公司負責進行企業所得稅匯繳清算的情況下，如果匯繳清算結果顯示總公司與分公司各自承擔一半的稅費，即總共產生稅額2000元，總公司已經扣款1000元，而分公司不能直接進行匯繳清算，那么剩余的1000元稅費可以通過以下方式處理： 1.內部轉賬：總公司可以通過內部轉賬的方式，將分公司應承擔的1000元稅費支付給稅務部門。這需要總公司與分公司之間進行協調，確保分公司將這1000元轉賬給總公司。 2.分公司預提稅費：分公司在其財務報表中預提這1000元稅費，作為對總公司的應付款項。然后，在適當的時機，分公司將這筆款項支付給總公司，由總公司統一繳納給稅務部門。 3.稅務部門協調：如果分公司確實無法直接進行匯繳清算，也可以與稅務部門進行溝通，說明情況并請求協助。稅務部門可能會根據實際情況，提供相應的解決方案或指導。 請注意，具體的處理方式可能因地區、稅法規定以及公司實際情況而有所不同。因此，在處理此類問題時，建議咨詢專業的稅務顧問或會計師，以確保合規性和準確性。