在總公司進行季度合并報表時，如果分公司是非獨立核算的，可以對沖總分公司之間的往來款。 非獨立核算的分公司通常沒有完整的會計憑證和會計賬簿體系，其經濟業務的核算由總機構完成。在這種情況下，總公司和分公司之間的資金往來，如總公司撥款給分公司用于發放工資等，通常會在總機構的賬目中體現為內部往來款項。當編制合并報表時，根據會計準則和實務處理，公司內部的往來款項可以進行對沖處理，以反映整個企業集團的真實財務狀況。