A單位可以根據(jù)合同規(guī)定和雙方協(xié)議進行款項支付，但發(fā)票應該開給合同簽署方B單位。如果A單位付款需要發(fā)票作為報銷或入賬的依據(jù)，可以與B單位協(xié)商處理。如果合同中沒有明確規(guī)定款項由A單位支付，但雙方協(xié)商后決定由A單位付款，則建議B單位向A單位出具委托付款函以證明付款的合法性和合規(guī)性。