A公司應按照每個月應發工資6000元為基礎，計提工資費用，同時計提社保和公積金中由公司承擔的部分（即社保的單位部分1079.8元和公積金的單位部分516元）。個人承擔的部分（社保個人承擔468.51元和公積金個人516元）則應在發放工資時從工資中扣除。 關于甲公司給A公司的2萬元獎勵費用，這筆費用實際上是甲公司對A公司的一種補償或獎勵，用于沖減A公司需要支付給甲公司的殘疾人工資。但這筆費用不應影響A公司對殘疾人工資、社保和公積金的計提。計提應基于實際發生的金額，即殘疾人的實際工資和A公司應承擔的社保、公積金金額。 在年末結算時，A公司可以將甲公司支付的2萬元獎勵費用與應支付給甲公司的殘疾人工資進行沖減。這樣，既保證了日常計提的準確性，又體現了甲公司對A公司的補償或獎勵。