同學您好！ 公司注冊地址與實際經營地不同，且納稅主管稅務機關不在同一區域的情況，申請出口退稅時，建議先在主管稅務機關辦理稅務登記變更，確保納稅信息與經營地一致。然后，按照出口退稅政策規定，向實際經營地稅務機關提交退稅申請，確保流程順暢。