當遇到進項發票和報關單的商品編碼不一致導致退稅有疑點時，您可以采取以下措施來處理這個問題： 1. **核實商品編碼**：確認進項發票和報關單上的商品編碼是否確實存在差異，并核實正確的商品編碼。 2. **修改報關單**：如果確認是報關單上的商品編碼錯誤，可以聯系報關行提交未退稅聲明，申請修改報關單上的商品編碼。這通常需要一定的工作日來完成修改流程。 3. **修改進項發票**：如果是進項發票的商品編碼錯誤，需要聯系供應商作廢原發票，并按照正確的商品編碼重新開具進項發票。 4. **提供證明材料**：在一些特殊情況下，如化學商品的報關品名與實際商品名稱不一致，可以提供相應的證明材料來佐證兩者為同一種商品。 5. **重新申報**：如果商品碼錄入錯誤，可以修改后重新進行申報。 6. **與稅務機關溝通**：在處理過程中，保持與當地稅務機關的溝通，了解具體的退稅政策和操作流程，確保按照正確的程序進行。