國際貨物運輸代理合同的性質和免稅規定可能因國家和地區而異，不同的國家或地區可能有不同的法律規定和政策。因此，對于中國物流公司與香港物流（二船東）簽訂的國際貨物運輸代理合同是否算作國際運輸免稅，需要具體分析合同條款以及相關國家和地區的法律規定。 一般來說，如果該合同符合相關國家和地區的法律規定，并且滿足免稅的條件，那么該合同可以算作國際運輸免稅。具體來說，免稅的條件可能包括：合同中明確約定了貨物的國際運輸、收貨人和發貨人的國籍或所在地為不同國家或地區、合同中包含完整的運輸條款和費用明細等。 另外，需要注意的是，即使該合同算作國際運輸免稅，中國物流公司仍然需要確保其與香港物流（二船東）之間的費用結算符合相關國家和地區的稅收規定，避免出現稅務問題。 所以，對于中國物流公司與香港物流（二船東）簽訂的國際貨物運輸代理合同是否算作國際運輸免稅，需要具體分析相關規定和條款。