如果公司在軟件做賬時，將兩個銀行賬戶（基本戶和一般戶）的流水都錄入同一個軟件系統，可能會出現您描述的情況，即一個賬戶的流水對得上，另一個賬戶的流水卻對不上了。因此，建議公司在軟件做賬時，將兩個銀行賬戶的流水分別錄入不同的賬目或模塊中，以便更好地管理和核對。如果兩個賬戶之間存在轉賬交易，建議在錄入時注意核對轉賬金額和對方賬戶信息，確保錄入準確無誤。