港澳臺投資企業與外商投資企業的主要區別在于投資者所屬地區不同。港澳臺投資企業是由香港、澳門和臺灣地區的企業或個人投資設立的企業，而外商投資企業則是由外國企業或個人投資設立的企業。兩者在法律形式、投資方式、優惠政策等方面可能存在差異。