通常情況下，研發費用加計扣除是在年度匯算清繳時按照實際發生的研發費用進行計算扣除的。在第四季度申報所得稅時，通常會填報預繳申報表和年度匯算清繳申報表，其中預繳申報表是按照季度數據來填寫，而年度匯算清繳申報表則是根據全年數據來填寫。 在填報研發費用加計扣除時，需要提供研發項目的立項文件、研發費用明細表等相關資料，并在年度匯算清繳申報表中按照規定的比例加計扣除。 因此，第四季度申報所得稅時的研發費用加計扣除是按照實際發生的研發費用進行計算扣除的，而不是按照第三季度的申報數據來計算。如果發現系統數據有誤，可以及時聯系稅務部門或相關技術部門進行修改或調整。