個人自己繳費的靈活就業的養老保險和醫療保險可以在單位的工資薪金申報時扣除。因為靈活就業人員也是按照國家規定的范圍和標準繳納的，而且全部是由個人承擔的，所以可以稅前扣除，且不需要區分個人部分和單位部分，實際繳納金額全部都可以稅前扣除。