勞務公司在支付農民工工資后，需要申報個人所得稅。根據《中華人民共和國個人所得稅法》的規定，由建筑勞務公司發放的工資薪金應該繳納個人所得稅。勞務公司應在發放工資薪金前或發放后，當月內按月向稅務機關申報繳納個人所得稅。申報時，應填寫《個人所得稅月度預繳納稅申報表》，表中記錄建筑勞務公司發放給工人的工資薪金和個人所得稅額等信息，稅務機關和建筑勞務公司根據發放的薪金計算稅款。