如果該自然人獨資的小規模納稅人在9月剛注冊，并且還沒有開始經營，那么可以在自然人扣繳客戶端進行零申報。 一般來說，新注冊的企業在開業初期，由于沒有實際發生應稅行為，可以在稅務機關申請辦理零申報手續。具體來說，如果該企業在開業3個月內沒有實際發生應稅事項，可以在自然人扣繳客戶端進行零申報。 對于小規模納稅人，如果屬于季節性加工企業或其他類似的情況，在淡季沒有實際經營業務時，也可以在自然人扣繳客戶端進行零申報。 總之，對于新注冊的企業或個體工商戶，如果沒有實際經營業務，可以在稅務機關或自然人扣繳客戶端進行零申報。但是需要注意的是，如果企業已經開始經營并發生了應稅行為，就必須按照規定及時申報納稅。