高速通行費的進項抵扣是根據《財政部、國家稅務總局關于進一步明確全面推開營改增試點有關勞務派遣服務、收費公路通行費抵扣等政策的通知》(財稅〔2016〕86號)文件規定進行的。對于一般納稅人支付的道路、橋、閘通行費，可以按照以下公式計算可抵扣的進項稅額：高速公路通行費可抵扣進項稅額=高速公路通行費發票上注明的金額÷（1+3%）×3%；一級公路、二級公路、橋、閘通行費可抵扣進項稅額=一級公路、二級公路、橋、閘通行費發票上注明的金額÷（1+5%）×5%。 因此，高速通行費的進項抵扣是根據發票金額和相應的稅率進行計算的，而不是直接將發票上的稅額進行抵扣