費用發生時，取得發票，借：銷售費用 應交增值稅（進項） 貸：預付賬款 后面發現部分費用不能抵扣，要從工資中扣除

借：銷售費用 貸：應交稅費-應交增值稅-進項轉出

不用通過應付職工薪酬來轉出嗎？

如果要從工資中扣除，再做分錄 借：銷售費用（紅字） 借：應付職工薪酬

比如說應發工資2000，需要從工資中扣200，借：銷售費用-工資 2000 貸：應付職工薪酬 2000 實發和扣除時，借：應付職工薪酬 800 貸：銀行存款800 借：應付職工薪酬 200 貸：銷售費用-扣款部分不含稅176.99 應交增值稅（進項轉出）23.01 可以這樣處理嗎？

實發和扣除時， 借：應付職工薪酬 1800 貸：銀行存款1800 借：應付職工薪酬 200 貸：銷售費用-扣款部分不含稅176.99 應交增值稅（進項轉出）23.01 可以這樣處理嗎？

可以的，可以這樣處理。

那進項轉出后結轉時的分錄怎么寫呢？

你自己的分錄中已經體現 借：應付職工薪酬 200 貸：銷售費用-扣款部分不含稅176.99 應交增值稅（進項轉出）23.01

我的意思是進項稅額轉出后怎么結平這個科目的余額

借：應交稅費-應交增值稅-銷項 借：應交稅費-應交增值稅-進項稅額轉出 貸：應交稅費-應交增值稅-進項 貸：應交稅費- 轉出未交增值稅