如果甲方要求用分公司核算，那么供應商可以直接將發票開給分公司。在這種情況下，已經開過的發票給總公司的需要重新開具發票給分公司。 具體來說，供應商可以將發票開給分公司，然后由分公司進行付款。已經開過的發票給總公司的需要作廢或者沖紅處理，然后重新開具發票給分公司。這樣可以確保分公司和總公司在財務上的核算清晰明了。 需要注意的是，具體操作還需要考慮合同條款和相關法律法規的規定。建議在操作前先與甲方、供應商以及相關財務人員進行充分溝通，以確保操作的合法性和合規性。如果甲方要求用分公司核算，那么供應商可以直接將發票開給分公司。此時，總公司與供應商之間的供貨合同仍然存在，只是發票的開具方和接收方變為了分公司。 對于已經開給總公司的發票，可以進行以下處理： 1.追回已開發票并作廢：如果總公司還沒有將發票交給分公司，那么可以聯系總公司，追回這些發票并作廢。然后，供應商可以將新發票開具給分公司。 2.變更合同方并重新開具發票：如果總公司已經將發票交給分公司，那么供應商可以與甲方協商變更合同方，并將發票重新開具給分公司。同時，需要將原發票收回或注明作廢。 3.分攤費用：如果供應商不能將原發票作廢，可以考慮將原發票的費用分攤到新合同中。例如，原合同總金額為1000元，其中500元已開具發票給總公司，現在需要將這500元分攤到新合同中，并在新合同中重新開具發票給分公司。