公司在上海，與南京A公司簽訂合同每月服務(wù)費(fèi)15萬元，主要用于支付勞務(wù)工資，由于南京A公司特殊情況四個月未付相關(guān)費(fèi)用，上海公司一直墊付人員工資。現(xiàn)在上海公司在南京成立一家分公司，財務(wù)獨(dú)立核算，上海公司已委托分公司負(fù)責(zé)南京 片區(qū)賬務(wù)事項(xiàng)，南京A公司近期轉(zhuǎn)賬四個月的費(fèi)用給上海在南京的分公司，南京分公司也開票給了南京A公司，那么南京分公司把錢轉(zhuǎn)給上海總公司時，上海總公司需要開票給分公司，分公司已給A公司開票交過稅了，這種情況怎么做賬。