又開一個銀行賬戶必須要備案么？

是的，單位的對公賬戶都必須到稅務局備案的。

是先把首選繳稅賬戶修改為否提交后，再增加新的首選繳費賬戶？

可以的，是的，可以這樣處理的，就是你可以自己選擇，一般都是用基本戶來扣稅的。

修改時一般戶也要提交存款信息表？

這個你當時有提示你看一下，按照實際情況選擇就行。