是要以誰的身份登錄呢？

我以我自己自然人的身份登錄，他還要掃臉登錄，但掃臉掃不了

要以企業的身份登錄，在企業的電子稅務局里進行操作。

我以企業的身份登錄也沒有，是不是要以法人身份證登

不是法人身份登錄的，因為這個電子稅務局每一個省份的操作頁面兒會有差異，建議您撥打本地12366確認一下。