主營業務成本科目，那是紅沖嗎

對的，是的，之前的分錄不變，金額是負數。

3月付修理費1萬，但是對方開票5千，做賬可以是 借 主營業務成本-修理費 5千 預付賬款 5千 貸 銀行存款 10 這樣嗎

可以的，可以這么做。