通過現金發放也可以加計扣除嗎？

不可以，不符合第三點，沒有通過銀行等金融機構發放，在企業所得稅匯算清繳時不能享受加計扣除。《財政部 國家稅務總局關于安置殘疾人員就業有關企業所得稅優惠政策問題的通知》(財稅[2009]70號)第三條規定，企業享受安置殘疾職工工資100%加計扣除應同時具備如下條件： 　　(一)依法與安置的每位殘疾人簽訂了1年以上(含1年)的勞動合同或服務協議，并且安置的每位殘疾人在企業實際上崗工作。 　　(二)為安置的每位殘疾人按月足額繳納了企業所在區縣人民政府根據國家政策規定的基本養老保險、基本醫療保險、失業保險和工傷保險等社會保險。 　　(三)定期通過銀行等金融機構向安置的每位殘疾人實際支付了不低于企業所在區縣適用的經省級人民政府批準的最低工資標準的工資。 　　(四)具備安置殘疾人上崗工作的基本設施。