那4月發3月工資時，4月申報個稅減除數是5000*2?

對，減除費用能減去兩個5000

那2月份既有上一家公司的工資，又有新公司的工資，新公司發工資申報個稅時減5000，舊公司也減5000嗎

對，沒錯兒，都是可以扣除這個5000的。

但是你匯算清繳的時候確實要補的。