根據您描述的情況，建議您可以在我司給甲公司付款時，做兩筆分錄：一筆是應付款項，一筆是商品銷售收入（500件的商品的收入）；然后京東結款給我司時，做兩筆分錄：一筆是銀行存款，一筆是應收款項（500件商品的款項）；最后甲公司付款給我司的時候，做兩筆分錄：一筆是應付款項，一筆是商品退貨收入（500件商品的收入）。