是的，保險企業收到修理廠開具的增值稅專用發票可以抵扣進項稅。例如，一家保險企業將汽車維修費支付給修理廠，修理廠開出增值稅專用發票給保險企業，保險企業可以根據發票上的稅額抵扣進項稅。此外，如果保險企業通過銀行轉帳等方式付款，仍可以根據修理廠開出的增值稅專用發票抵扣進項稅。