自然人開具發票時需要繳納的稅款主要有增值稅、消費稅、營業稅等。增值稅的稅率一般為3%或6%，消費稅的稅率一般為3%或5%，營業稅的稅率為5%。此外，還有其他的稅款，如個人所得稅、城市維護建設稅和地方教育費附加等。 拓展知識：開具發票時，自然人還需要繳納城市維護建設稅，城市維護建設稅的稅率一般為5%或10%，可根據不同地區的法律法規而定。另外，自然人還需要繳納地方教育費附加，地方教育費附加的稅率也是因地而定，比如北京地區的稅率為3%。