在做村集體經濟組織的賬務時，如果發現公積公益金不足以彌補虧損，則需要采取一些措施來解決問題。首先，應該對當前的財務狀況進行全面的審核，以找出原因并對癥下藥。其次，應當采取有效的措施加強財務管理，避免出現類似的情況。此外，應當把控資金使用，加強對各項投入的控制，避免投入過多而出現虧損。最后，應當及時補充公積公益金，以保證村集體經濟組織的正常運轉。