控制測試與實質性測試的區別體現在以下幾個方面：（1）控制測試的內容為內部控制，是定性評價；實質性程序的內容為賬戶金額，是定量評價。（2）控制測試的目的為評價內部控制有效性；實質性程序的目的是評價賬戶金額正確性，為發表審計意見提供依據。控制測試與實質性程序的聯系體現在：控制測試為實質性程序打基礎，控制測試的結果為確定實質性程序的性質、時間和范圍提供依據；實質性程序是在控制測試的基礎上進行的，實質性程序的程度取決于控制測試的結果。不能完全省略實質性測試程序的主要原因為：（1）內部控制是被審計單位為達到其經營管理目標而設立和實施的，最嚴格的內部控制也有其本身的固有限制；一是控制成本的限制，即被審計單位往往因考慮成本而犧牲內部控制可能帶來的效益；二是人為因素的限制，包括有關人員不理解或錯誤理解內部控制，相關人員串通舞弊而回避或破壞內部控制等。這些固有限制可能導致會計報表的重要反映失實。（2）內部控制是否真正有效，需要通過執行控制測試程序予以驗證，但控制測試只能證實內部控制是否有效和得到了一貫遵守，而不能對會計報表反映的合法性、公允性進行證實。