是的，員工工資專項附加扣除是會在公司申報個稅時顯示出來的，只不過部分員工沒有填寫正確，也可能是公司操作錯誤，導致最終沒有正確的顯示出來，所以扣除了個稅。 系統顯示的個稅金額是在工資總額上扣除基本養老保險金、醫療保險金、失業保險金和住房公積金之后再減去適當的個人所得稅扣除項目（6項工資專附扣除）來計算出來的。比如，若一個員工當月薪資總額為4000元，基本養老保險、醫療保險、失業保險以及住房公積金總共為800元，六項工資扣除總共275元，那么本月這個員工應該交納的個稅就是：4000-800-275=3325 元*20%-666.50=80.50元。