增值稅電子專用發票沖紅和紙質增值稅專用發票沖紅之間有一定的區別。首先，增值稅電子專用發票沖紅需要通過發票管理系統進行完成，而紙質增值稅專用發票沖紅則需要將原有發票貼“沖紅標簽”，再加蓋“已沖紅”章，該章由開票單位負責人簽字確認。其次，增值稅電子專用發票沖紅的操作需要比紙質增值稅專用發票沖紅要復雜的多，而且可避免發生發票被篡改或偽造的風險。最后，增值稅電子專用發票沖紅操作可以縮短時間，而紙質增值稅專用發票沖紅需要經過一定程序才能完成。 拓展知識：在增值稅電子發票沖紅的操作中，還要注意發票的控制代碼，因為發票的控制代碼是一個必須的識別元素，這個控制代碼會標識一種特定的發票類型，以及發票的詳細信息。