綜合所得年度匯算清繳的辦理方式包括網上匯算清繳、自行匯算清繳和專管稅務機關代收代繳匯算清繳三種方式。其中，網上匯算清繳是指，納稅人通過金稅盤等納稅專用工具，在網上登錄申報系統，自行完成匯算清繳。自行匯算清繳指的是，納稅人按照稅務機關的要求，填寫報表，通過郵寄或者交到稅務機關辦稅大廳辦理匯算清繳；專管稅務機關代收代繳匯算清繳，指的是納稅人將匯算清繳款項交到有收繳資質的銀行網點或政府采購領域的指定收繳點，由專管稅務機關代繳至地稅局。 拓展知識： 綜合所得年度匯算清繳的如果出現逾期未匯算清繳的，一般情況下都會處以罰款，罰款基數即為匯款清繳金額，罰款標準是以墊款金額為基數，每天按0.05%計算，墊款金額超過100萬元的，按0.07%計收。 應用案例： 2019年6月，一家名為深圳市XX公司的公司經營不善，繳納個人所得稅期限逾期未匯清，未經申請，不符合條件前置審批。因此，這家公司將通過網上匯算清繳的方式，自行完成對應的匯算清繳申報工作，并在納稅期限內完成稅款支付。