存貨毀損進項稅額的會計處理要按照《中華人民共和國會計法》第三十四條的規定來進行：1、將毀損存貨作為財務費用，應當確認費用，支付稅額；2、按照會計準則要求，將相關稅額計入本期稅額。拓展知識：會計處理存貨毀損的時候，還要根據會計準則的規定，對毀損的存貨的殘值進行折舊，以減少稅額。