工程施工企業收到預收款應先登記預收款科目，并根據實際情況記錄憑證，確認客戶支付的金額，將預收款登記到應收賬款科目，并填制預收款單，把預收款結算到客戶賬戶，最后將預收款記錄在應收賬款明細表中。