超過45萬小規模增值稅納稅人應當按照如下步驟來申報增值稅： 1、獲得增值稅發票資格。低于45萬元的小規模納稅人可以根據《稅收征收管理法》第四十三條所述的情況，申請獲得增值稅發票資格； 2、在辦理稅收登記表的同時，按照國家規定的標準，申請開具增值稅發票； 3、增值稅納稅人按照月度、季度、半年度和年度等不同的賬務期間，按照稅收征收管理機關規定的稅率核定增值稅銷售額，計算自行申報的應納增值稅額； 4、經核定的增值稅額，增值稅納稅人需要在規定時間內按照稅收征收管理機關規定的方式申報繳納； 5、每月應納增值稅額和申報的應納增值稅額相比，如果有減少，增值稅納稅人應當在規定的時間內，提交相應的補充申報資料，以便稅務機關核實和登記； 6、如果增值稅納稅人沒有按時繳納增值稅，稅收征收管理機關將對其進行處罰。