水利基金可以差額計稅，但是需要符合相關法規規定。根據《中華人民共和國企業所得稅法》總則規定，企業可以申請捐贈水利基金，并享受一定的稅收減免。而且，企業捐贈水利基金還可以結合其他捐贈事項，合理的分類辦理，做到同時處理多個捐贈事項，避免重復捐贈，節省稅收費用。